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국세청이 최근 일부 임대사업자에게 2021년, 2022년 귀속분 종합부동산세 경정(수정) 세액 예고 통지를 한 것으로 확인됐다. 임대사업자 제도의 잦은 변동으로 제때 대응하지 못한 임대사업자의 피해가 잇따르고 있다.

10일 세무업계에 따르면 국세청은 지난달 말부터 2021~2024년 귀속분 종부세 경정 과세를 납세자에게 통보하고 있다. 점검 대상자는 약 1만 명이고, 이 중 실제 과세 예고를 받는 납세자는 수천 명에 이를 것으로 업계는 추산했다.

경정 과세 통보가 이뤄진 배경은 문재인 정부 시절인 2017년으로 거슬러 올라간다. 당시 정부는 전·월세 임대 시장 안정을 위해 임대사업자 등록을 적극 장려하는 대책을 내놨다. 실거주 주택 외에 임대 목적으로 보유한 아파트에 대해서는 면적(전용면적 85㎡ 이하), 공시가격(수도권 6억원 이하, 비수도권 3억원 이하), 임대 의무 기간(단기 4년, 장기 8년) 등 요건을 충족하면 종부세 적용 대상에서 제외해주는 세제 혜택을 도입했다. 수도권 소형 아파트를 보유한 다주택자는 이 혜택을 받기 위해 상당수가 새로 임대사업자로 등록하거나 기존 사업자 지위를 유지했다.

하지만 임대사업자 물량이 오히려 집값을 밀어 올린다는 지적이 나오자 불과 3년 뒤인 2020년 9월 종부세 합산 배제 혜택을 종료했다. 이때 종부세 납세 의무가 부활해 2021·2022년도 귀속분의 종부세 과세가 통보되기 시작한 것이다. 과세 금액은 적게는 수백만원, 많게는 수천만원에 이를 것으로 추산된다. 특히 2021년 귀속분은 세액 산출 기준인 공정시장가액비율이 당시 기준인 95%가 그대로 적용됐다. 종부세의 20%에 해당하는 농어촌특별세까지 납부해야 한다.

법적으로 종부세는 국세청이 세액을 결정해 매년 11월 납세 대상자에게 직접 고지하지만, 합산 배제 여부는 요건이 달라질 경우 납세자가 스스로 신고해야 한다. 부동산 정책이 단기간에 바뀌어 생긴 혼란 등을 고려해 과세당국이 더 적극적으로 안내에 나섰어야 한다는 지적도 나온다. 국세청 관계자는 “임대사업자 등록 말소에 따라 2021년과 2022년 합산 배제 제외 신청을 안내했다”고 말했다.

임대사업 위축도 불가피할 전망이다. 정부는 2020년 7월 폐지된 6년 단기등록임대주택 제도를 비아파트에 한해 지난 6월부터 다시 시행하고 각종 세제 혜택도 부활했지만 시장은 외면하고 있다. 2019년 220만5000가구까지 증가한 등록 민간임대주택 규모는 지난해 134만9000가구로 쪼그라들었다.

세무업계 관계자는 “잦은 변경으로 제도가 지나치게 복잡해져 선의의 피해자가 나올 수밖에 없는 구조”라고 말했다.

이유정 기자