세금

12억 넘는 아파트 팔았는데…'뜻밖의 폭탄' 이유 알고보니

2025.09.11 14:21

주택 양도소득세를 계산할 때 1가구 1주택자가 비과세 요건을 충족한 상태에서 주택을 팔았다면 매도금액이 12억원 이하인 경우 양도세를 내지 않는다. 매도금액이 12억원을 초과하는 경우에는 전체 양도차익 중 12억원을 초과하는 부분만 과세 대상 차익으로 간주하고 양도세가 발생한다.

양도세는 매도금액에서 매수금액과 필요경비를 차감한 양도차익에서 보유 기간에 따른 장기보유특별공제를 뺀 양도소득금액을 기준으로 한다. 양도소득금액에서 기본공제 금액을 차감하면 ‘양도소득과세표준’이 되고, 일반적으로 주택 보유 기간 2년 이상인 경우 금액에 따른 누진세율을 적용해 양도세를 계산하게 된다. 다주택자가 조정대상지역의 주택을 양도하는 경우에도 내년 5월 9일까지는 중과세율을 적용하지 않는다.

1가구 1주택자 비과세 자격을 만족하거나 일시적 2주택 상태에서 종전 주택을 먼저 매도해 비과세 자격을 갖췄다고 하더라도 매도금액이 12억원을 초과하면 일정 부분 양도세를 납부해야 한다. 12억원을 초과하는 주택의 과세 대상 양도차익은 전체 양도차익 중 매도금액에서 12억원이 초과하는 비율로 계산한다.

예를 들어 8억원에 취득한 주택을 16억원에 매도했다고 가정해 보자. 이때 실제 양도차익은 8억원이지만, 필요경비 계산을 생략할 경우 과세 대상 양도 차익은 2억원이 된다. 계산 방식은 ‘실제 차익 금액(8억원)’ 곱하기 ‘매도금액에서 12억원을 뺀 금액(4억원)을 매도금액(16억원)으로 나눈 값’이다. 다음과 같은 식이 된다. [8억원×(4억원/16억원)=2억원] 여기에 보유 기간에 따른 장기보유특별공제를 차감한다.

장기보유특별공제는 매도 대상 주택을 3년 이상 보유한 경우 적용한다. 매도금액이 12억원 이하라면 양도세를 내지 않으므로 고려하지 않아도 된다. 매도금액이 12억원을 초과하면 일반적으로 보유 기간에 대해 연 2%씩(최고 30%)의 장기보유특별공제를 적용한다. 보유 기간 중 거주를 2년 이상 했다면 거주 기간에 대한 장기보유특별공제까지 합산해 계산한다. 이 경우 취득 시기와 관계없이 실제 거주한 기간에 대해 공제를 적용받을 수 있다. 공제율은 보유 기간에 따라 연 4%씩(최대 40%), 거주 기간에 따라 연 4%씩(최대 40%) 해서 최대 80%까지 가능하다.

조정대상지역에 있는 주택일 경우 규제 전 주택을 취득했다면 거주 없이 보유만으로도 매도금액이 12억원 이하이면 양도세를 내지 않는다. 매도금액이 12억원을 초과한다면 일부라도 양도세가 발생할 것이고, 장기보유특별공제를 적정하게 반영하느냐에 따라 최종 양도세 계산이 달라진다. 이때 매도 대상 주택이 ‘상생임대주택’ 특례 요건을 충족한다면, 장기보유특별공제 반영에 보유 기간에 따라 연 4%씩 공제율을 적용받는다.


상생임대주택은 실거주하지 않아도 보유 기간이 10년 이상이라면 최대 40%까지 장기보유특별공제를 받을 수 있다. 상생임대주택이 아닐 경우 실거주하지 않았다면 보유 기간에 따라 연 2%씩 장기보유특별공제율을 적용하고, 최대 30%까지(보유 기간 15년 이상) 장기보유특별공제를 받을 수 있다. 보유 기간이 길어지는 경우 장기보유특별공제율이 높아지고, 최종 세액도 달라지기 때문에 꼼꼼한 검토가 필요할 것이다.

김성일 리겔세무회계 대표

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